Im OSI-Modell ist SSL oberhalb der Transportschicht (z. B. TCP) und unter Anwendungsprotokollen wie HTTP oder SMTP angesiedelt. SSL arbeitet transparent, so dass es leicht eingesetzt werden kann, um Protokollen ohne eigene Sicherheitsmechanismen abgesicherte Verbindungen zur Verfügung zu stellen. Zudem ist es erweiterbar, um Flexibilität und Zukunftssicherheit bei den verwendeten Verschlüsselungstechniken zu gewährleisten.

SSL-Verschlüsselung wird heute vor allem mit HTTPS eingesetzt. Die meisten Webserver unterstützen TLS, viele auch SSLv2 und SSLv3 mit einer Vielzahl von Verschlüsselungsmethoden, fast alle Browser und Server setzen jedoch bevorzugt TLS mit RSA- und AES-Verschlüsselung ein.

SSL ist ohne eine zertifikatsbasierte Authentisierung problematisch, wenn ein Man-In-The-Middle-Angriff erfolgt: Ist der Man-In-The-Middle vor der Übergabe des Schlüssels aktiv, kann er mit beiden Seiten den Schlüssel tauschen und so den gesamten Datenverkehr im Klartext mitschneiden.

In Verbindung mit einem Virtual Server, z. B. mit HTTP (etwa beim Apache HTTP Server über den VHost Mechanismus), ist es grundsätzlich als Nachteil zu werten, dass pro Kombination aus IP-Adresse und Port nur ein Zertifikat verwendet werden kann, da die eigentlichen Nutzdaten des darüber liegenden Protokolls (und damit der Name des VHosts) zum Zeitpunkt des SSL-/TLS-Handshakes noch nicht übertragen wurden. Dieses Problem soll in der nächsten TLS-Version 1.2 mit der „Server Name Indication“ behoben werden. Dabei wird bereits beim Verbindungsaufbau der gewünschte Servername mitgesendet.